Berdirinya Fakultas Pertanian Universitas Pattimura sebagai Unit Pengelola Prodi (UPPS) diawali dengan Prakarsa dari beberapa tokoh Masyarakat Maluku yang berkeinginan untuk adanya suatu Lembaga Pendidikan Tinggi bertujuan mencerdaskan kehidupan bangsa. Ide dan cita-cita ini terus diperjuangkan hingga Pemerintah Indonesia meresmikan Perguruan Tinggi Maluku dan Irian Barat menjadi Universitas Pattimura dengan SK Menteri PTIP Nomor 99 tahun 1962 tanggal 08 Agustus 1962. Salah satu persyaratan untuk mendapatkan status sebagai Perguruan Tinggi Negeri yaitu harus memiliki minimal dua fakultas eksakta. Sehubungan dengan hal ini, maka dikeluarkan SK Menteri PTIP No. 66 tahun 1963, tanggal 10 Juli 1963, tentang pendirian Fakultas Pertanian/Kehutanan dan Fakultas Peternakan yang diresmikan pada tanggal 11 Nopember 1963. Pada saat itu Fakultas Pertanian/Kehutanan memiliki 2 (dua) Jurusan yaitu Jurusan Pertanian dan Jurusan Kehutanan. Melalui SK Direktur Pendidikan Tinggi No.039/DJ/Kep/1976 tanggal 15 Nopember 1979, Fakultas Peternakan mendirikan Jurusan Perikanan dan berubah namanya menjadi Fakultas Peternakan/Perikanan, namun pada tanggal 05 Maret 1983, melalui SK Presiden RI No.73 tahun 1982 jo Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No.0159/1983, status Fakultas Peternakan dirubah menjadi Jurusan Peternakan dan diintegrasikan ke dalam Fakultas Pertanian berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0575/O/1985. Jadi dengan demikian Fakultas Pertanian memiliki 3 (tiga) Jurusan yaitu Jurusan Budidaya Pertanian dengan Prodi Agronomi, Prodi Ilmu Tanah, Prodi Hama dan Penyakit Tumbuhan dan Prodi Sosial Ekonomi Pertanian; Jurusan Kehutanan dengan Prodi Manajemen Hasil Hutan dan Jurusan Peternakan dengan Prodi Peternakan.
Perubahan nomenklatur Prodi pada setiap jenjang pendidikan tinggi terus mengalami perubahan hingga melalui SK Dirjen Dikti Depdiknas No. 163 Tahun 2007 tentang Penataan dan Kodefikasi Prodi, maka Prodi-Prodi pada ketiga jurusan mengalami penyesuaian dan penggabungan (merger). Dengan demikian sampai tahun 2012, Fakultas Pertanian memiliki lima Prodi: (1) Agroekoteknologi, (2) Agribisnis, (3) Teknologi Hasil Pertanian (pada Jurusan Budidaya Pertanian), (4) Ilmu Peternakan (pada Jurusan Peternakan), dan (5) Ilmu Kehutanan (pada Jurusan Kehutanan). Berdasarkan penyesuaian dan penggabungan (merger) maka Jurusan Kehutanan dengan 1 Prodi yaitu Prodi Kehutanan dimana membidangi 4 Minat : a. Minat Manajemen Hutan; b. Minat Budidaya Hutan; c. Minat Konservasi Sumberdaya Hutan; d. Minat Teknologi Hasil Hutan.
Dalam perkembangannnya, Jurusan Kehutanan Prodi Kehutanan mengembangan Minat Manajemen Hutan untuk diusulkan menjadi Prodi Pengelolaan Hutan melalui dukungan Senat Akademik Unpatti No. 10/UN.13.V/LL/2021 tanggal 19 Februari 2021. Izin Pembukaan Prodi S1 Pengelolaan Hutan oleh Rektor Unpatti No. 1920/UN13/LL/2021 tanggal 17 Maret 2021 dan Rekomendasi Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi Wilayah XII No. 524/LL12/AK/2021 mengusulkan pembentukan Prodi Pengelolaan Hutan secara online melalui laman https://silemkerma.ristekdikti.go.id/
Prodi S1 Pengelolaan Hutan akhirnya dibuka pada Fakultas Pertanian Unpatti berdasarkan Izin Pembukaan oleh Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset Dan Teknologi Republik Indonesia No : 344/E/O/2022 pada tanggal 24 Mei 2022.